קבוצת גזר נוסדה בשנת 1945 ליד כביש לטרון-רמלה, סמוך לתל גזר העתיק. היישוב שהיה מוקף בכפרים ערביים נכבש במלחמת העצמאות לשעות ספורות, מצב שיצר איום על חולדה, אשר שימשה בסיס מרכזי לכל פעולות צה"ל במרחב.
לקראת ההפוגה הראשונה החליטה מפקדת הליגיון לבצע מספר פעולות תוקפניות במרחב שבין אל-קובאב וחולדה. בבוקר ה-10.6.48 יצאו שבע שיריוניות ושתי פלוגות בלתי סדירות בפיקוד הקצין הבריטי ברומג' מרמלה, ובצהריים תקפו את גזר. על הקיבוץ הגנו 68 איש (בהם 10 חיילים מיחידת השירותים של חטיבת 'יפתח' ו- 13 בנות), מצויידים בנשק קל ובשני מקלעים בלבד. הקיבוץ היה מוקף בשתי גדרות, אחת מהן דו-שיפועית, והיו בו 11 עמדות, רק אחת מהן בנויה בטון.
גזר שכנה במרחב חטיבת 'גבעתי', שכוחותיה רותקו באותו יום לחזית המצרית ולא יכלו לשאת באחריות המעשית להגנת היישוב, אך במטכ"ל לא נקבעה כל חטיבה אחרת כאחראית למרחב. בשעה 13:30 יצאו שישה משוריינים של חטיבה שבע מגבעת-הסיד, קרבו לקיבוץ, ירו אל משורייני הליגיון, ונטשו את השטח לאחר שאחד המשוריינים נפגע.
לאחר שעתיים של אש כבדה הצליחו המשוריינים וכוחות החי"ר של הליגיון לפרוץ את הגדר במספר רב של מקומות והחלו לכבוש עמדה אחרי עמדה. בשעה 16:30 השתלטו על כל הקיבוץ. בקרב בו נפלה גזר בידי הליגיון נהרגו 28 מגינים ו- 30 נפלו בשבי, חלקם פצועים. היתר, חקלאים שעבדו בשדות ולא יכלו לחזור לגזר בשל ההפגזה הכבדה, וכן כמה ממגיני העמדה הדרומית - הצליחו לחמוק ולפרוץ לנען וחולדה.
כוח הליגיון עזב את גזר והשאירה בידי מתנדבים מקומיים, שעסקו בעיקר בביזה. מג"ד הגדוד הראשון, דן לנר, הורה למ"פ יצחק חופי ('חקה') לכבוש מחדש את גזר. עם ערב ערכה יחידה ובה שתי מחלקות מהגדוד הראשון של חטיבת 'יפתח' התקפת-נגד, בסיוע תותחי 65 מ"מ, ושיחררה את גזר מכובשיה. הכוח שהשתתף בהתקפה כלל את הפלוגה שהחזיקה בגבעה 166.3 ואת פלוגת העתודה של הגדוד. סיוע ארטילרי ניתן מתותחי 65 מ"מ שהיו מוצבים באל-קובאב. בשלב הראשון שימשה הפלוגה שעל גבעה 166.3 בסיס-אש, והעתודה התקדמה בהסתר במקביל לכביש לטרון-רמלה. בשלב השני הסתערו הפלוגות מכיוונים שונים והכובשים הערבים החלו לנוס מגזר לאל-בריה. בשעה 19:00 נכבש הקיבוץ מחדש. יחידות 'יפתח' המשיכו בהתקפתם על האויב הנסוג וכבשו את הכפר אל-בריה.
'חקה' מעיד כי כאשר נכנס עם הכוח דרך הגדר המזרחית של המשק והשתלט על גזר, נתקל בתמונה קשה: היישוב נבזז, ומגיניו נותרו הרוגים עם נישקם במקומות בהם נפלו.
בנסיגתו, לקח הליגיון את שבויי גזר עימו, בהם 12 בחורות.
בעקבות דו"ח שהגיש מא"ז הקיבוץ, הקים הרמטכ"ל דורי ועדת חקירה, כדי שתבדוק את נסיבות תיפקודן הלקוי של היחידות שנמצאו באזורים קרובים ולא מצאו לנכון לסייע בכל שעות ההתקפה, אף על פי שהיה בידיהן נשק מסייע שהפעלתו יכלה לשנות את פני המערכה.
נקבע כי האשמה היא באגף המבצעים במטכ"ל, שלא קבע בצורה ברורה איזו ממפקדות החטיבות אחראית ישירות להפעלת כוחות לעזרת גזר.