חיסיה שפירא הועמדה למשפט ביום כ"ח סיוון תש"ד (19.6.1944) בבית-הדין הצבאי בירושלים. נאשמה בהחזקה בלתי-חוקית של אקדח ותחמושת.
גזר הדין: ארבע שנות מאסר.
מתוך הצהרתה: "הנני מודה שהנשק המפורט בכתב האשמה נמצא בחדרי. אני מצטערת על כך שהמשטרה הוכנסה לחדרי בעורמה ועל ידי כך נמנעה ממני האפשרות להתגונן בנשקי זה בפני המשטרה. אני כופרת בסמוכותו של בית הדין הזה...
אני איני מכירה בשלטון הסוגר את שערי המולדת למיליונים של אחים הנטבחים בגולה..."
מתורגמן תירגם בבית הדין מסמך צרפתי שנמצא בארנקה של הנאשמת. נאמר בו בין השאר: "אנו מתכבדים להגיש לכבודו, תמצית מן המטרות של תנועת לוחמי חירות ישראל ואמצעי פעולתו. זו תנועה סודית שחבריה מזוינים וממושמעים. הם נפוצים בכל היישוב העברי בארץ-ישראל. תנועת השחרור העברית שואפת לשחרר את העם העברי לאלתר ולבסס את הסוברניות שלו בכל ארץ-ישראל...
אנו, העברים, שיש לנו הזכות ליצג את הארץ הזאת ולשלוט בה, חושבים, כי גוף לא יהודי המחזיק בארץ הוא אויבנו לחיים ולמוות...
אין לנו כל ספק שבמלחמתנו זו נמצא בעלי ברית פוליטיים, שהאינטרסים שלהם דומים לשלנו. כלומר: אלה המעונינים בהחלשת המעצמה הבריטית בדרך כלל ובמזרח התיכון בפרט; ארצות שכנות שהאינטרסים שלהן דומים לשלנו; כמו כן - שיתוף פעולה עם אותן האומות המשועבדות, המנסות להסיר מעל עצמן את עולה של בריטניה...
"כל מה שיכולתי להגיד להגנתי, הוקרא היום בישיבה, במכתב שנמצא בחדרי ותורגם מצרפתית.
אני רוצה רק לסכם: הדבר היחידי שנותן לי לא רק רשות חוקית ומוסרית, כי אם מחייב אותי ואת כל עִברי לשאת נשק, היא עובדת השעבוד של העם העברי בארצו. ומכיוון שאני רואה את תנועת לוחמי חירות ישראל כתנועה היחידה הלוחמת לשינויו של מצב זה למען הקים שלטון עברי עצמאי במולדתו, רק חוקיה הם חוקַי ורק להם אני נשמעת. וכל זמן שאנו נמצאים במצב מלחמה עם הממשלה הבריטית, היא מחויבת להכיר בכל לוחם עברי הנופל לידיה, כשבוי מלחמה ולא כפושע פלילי... "
(מתוך ספרו של יעקב בנאי - "חיילים אלמונים")