בלילה שבין ה-6 ל-7 ליוני התחיל האויב הפגזת ניצנים במטרה ליגע את המגינים לקראת ההתקפה העתידה לבוא בבוקר. עם דמדומי בוקר ארגן האויב את כוחותיו בנקודות ההיערכות. בשעה 08:00 חידש האויב את ההפגזה ואף הגבירה. הפעם נכנסו לפעולה גם מטוסים. הללו פעלו בשני גלים. ב-10:15 נכנסה לפעולה גונדה נוספת של 25 ליטראות, היא גונדת מג'דל. 2 מטוסי ספיטפייר, שבאו כגל שלישי, התקיפו במקלעיהם את המשק ובמיוחד את האנשים שהתרוצצו בתעלות הקשר.
ההפצצה וההפגזה גרמו להרס רק במקום. עמדה 1 נהרסה וקברה את יושביה, שהוצאו מתוכה המומים. רשת הטלפונים נותקה. מקלע, שכוון נגד המטוסים, נפגע ישירות בפגז. מרבית כלי הנשק הזדהמו מהאבק הרב, ומקלע אחד יצא מכלל פעולה. למן התחלת ההתקפה ניסתה האלחוטאית להתקשר עם מפקדת גדוד 53 בבאר טוביה. ב-10:00 היא הצליחה להעביר קריאת אס.או.אס. ומאז אבד הקשר לחלוטין. סמוך לשעה 11:00 קיבלו 4 טנקים מצריים הוראה לפרוץ למשק, כשחיל הרגלים בא בעקבותיהם. הטנקים התקרבו מצומת הדרכים בפינה הצפונית-מערבית של המחנה. עם התקדמות הטנקים חשו לעומתם שני לוחמים עם פיאט. הם הצליחו לפגוע בשרשרת אחד הטנקים בפצצה השנייה. הטנקים הפסיקו את תנועתם. אולם מיד לאחר זאת יצא הפיאט מכלל שימוש ומפעילו נפגע בראשו. בכל זאת נסוגו הטנקים והמשיכו ממרחק באש שתכליתה פיצוח עמדות.
חי"ר האויב המשיך בהתקדמותו, על אף נסיגת הטנקים, במידה רבה בזכות הקצינים שנעו בראשו ועודדוהו על ידי מופת אישי. הוא השתלט על עמדות 10, 11,12, והצליח לכבוש את אזור מיכלי המים, השטח החיוני של המשק. האויב מיהר להכריז אותה שעה באלחוט על ניצחונו, אף כי עדיין לא גבר על כל עמדות המשק.
מספר המג"ד: מכשיר הקשר בקיבוץ לא היה תקין. רק בשעות הצהריים נקלט בגדוד מברק בהול וזה לשונו: המצרים בגבעת המיכלים, הקרב אבוד, אני משמידה את המכשיר והמסמכים ויוצאת להילחם. עם התקבל המברק מהרתי למפקדת החטיבה שם עסקו בתכנון המשך הפעולות נגד המצרים שנבלמו באשדוד. המרחב היה כולו בשליטת האויב הן באויר והן על הקרקע. במשך היום יכלו המצרים להשמיד כל יחידה שלנו שתחוש לעזרת ניצנים, מה גם שהמצרים השתלטו על גבעה 69 כדי למנוע מתגבורת לחוש לעזרת הקיבוץ. הסברה היתה שניצנים תחזיק מעמד עד לחשכה ואז ניתן יהיה להחיש עזרה.