קבוצת ניצנים שכנה כק"מ מערבה מכביש החוף. בנייני המשק לשעבר, עמדו ברובם בגיא מוקף גבעות מכל עבריו. מצפון להם נמצא "רכס בית הקברות", מקום נוח ביותר לתצפיות אויב. לידו, נמצאו מכתש וואדי הנמשך מערבה והמאפשר התקרבות נוחה למשק מצפון.
ממזרח גבל המשק במחנה בריטי הרוס, שאיפשר התקרבות אויב והסתננותו עד גדר המשק ממש.
כ- 2 ק"מ צפונית מזרחית לניצנים, ניצבה גבעה 69 שממנה התאפשרה שליטה טובה בתצפית ובאש על הסביבה כולה.
השטח החולש והחיוני במשק עצמו הייתה "גבעת המיכלים" בפינה הצפונית-מזרחית, שעליה ניצבו מיכלי המים. חדר האוכל ומרבית בנייני המגורים נבנו על גבעה במערב המשק - "גבעת חדר האוכל". הם הוקפו בחומת עפר והפכו לאיזור חיוני שני.
הבניין הערבי - "הארמון" - בפינה הדרומית של המשק, היווה את האיזור החיוני השלישי.
במרכזו של משולש האיזורים החיוניים הנ"ל, נמצאו מטה הפיקוד המשק ושני בונקרי עזרה ראשונה. שלושת האיזורים החיוניים היו מוקפים טבעת עמדות בנויות שלד עץ, מעטה פח וסוללות עפר, שהבליטום מעל השטח. עמדות אלה, שהיו טובות למלחמה נגד אויב מצוייד בנשק קל בלבד, שימשו מטרה מצוינת לאויב סדיר בעל תותחים ונשק כבד אחר.
העמדות היו מוקפות 2-3 גדרות ומיקוש דל. שלוש גדרות הקיפו את המשק בגבולו הדרומי שנראה כמסוכן, כיוון שגבל עם פרדס. לכן גם ניבנו בקטע הדרומי של המשק מרבית הבונקרים לאנשי העמדות. בין העמדות נמתחה רשת תעלות-קשר, קו עמדות שני לא היה קיים.
הקשר הפנימי הופעל בעזרת קו טלפון, שהונח בן המטה לעמדות. קו זה כוסה, אמנם, באדמה אך עלול היה להינתק בהפגזה. לכן, הוקמה ליד המטה יחידת רצים. הקשר עם מטה הגדוד והחטיבה קויים באמצעות מכשיר קשר, מופעל ע"י סוללות. כאשר התקלקל המכשיר ב- 5.6, נותר הקשר עם החוץ משובש עד תום ימי הקרב.
מפקד המקום היה המ"מ אברהם שורצשטיין מגדוד "53". לצידו עמד מא"ז המשק, אליהו הוכנברג, שמונה לתפקיד זה לאחר שנהרג המא"ז הקודם.
אברהם שורצשטיין הגיע עם מחלקתו למקום ב- 27.3. המחלקה מנתה ערב הקרב 30 לוחמים. בשעת ההתקפה הגדולה על ניצנים ב- 20.4.48, נתגלה אברהם במלוא כושרו ויכולתו ורכש את לב אנשי המקום.
בליל 3/4 ביוני, הגיעו לניצנים 44 חיילים מאנשי גדוד "8" בפיקודו של יוחנן מנהיים. הייתה זו מחלקת טירונים שקיבלו אימון מועט בלבד, והיה בכוונת מפקדם לאמנם תוך כדי תפקידם בהגנת המשק.
מספר חברי המשק שנשארו במקום ערב הקרב היה 67 איש, מהם עשר בחורות. הילדים פונו ב- 17.5 ושאר החברות ב- 5.6. מפקד המקום חילק את האנשים ל- 14 עמדות, כשהוא קובע את מפקדי העמדות מבין חברי המשק. לרשותו שמר עתודה לחיזוק מקומות התורפה ולמכות נגד במקרה שיפרוץ האויב את קו העמדות. לרשות המגינים במקום עמדו: 70-80 רובים (חלק ניכר מהם רובים איטלקיים מיושנים, שרובם לא פעלו), 30 תת מקלעים, תחמושת ורימונים מועטים, 4 מקלעי ברן, מרגמה אחת "2 (שלא פעלה ביום הקרב) ופיאט אחד.