בדף הקרבי של החטיבה הואשמו לוחמי ניצנים באי עמידה איתנה. דברי ההאשמה פורשו ע"י אנשי המשק כפוגעים. עם שובם מהשבי הם פנו בעניין זה לרמטכ"ל ותבעו הקמת ועדת חקירה.
להלן מכתבו של הרמטכ"ל, יעקב דורי, בנדון:
מטה כללי
לשכת הרמטכ"ל
26 מאי 1949
קרבות ניצנים
בקשר למכתבכם מיום 13.4.49, נתמנתה על ידי ועדה אשר הוטל עליה לחקור בפרשת המלחמה וההתגוננות של קבוצתכם ולהסיק, על יסוד חקירה זו, מסקנות בדסר הפקודה שהוצאה על ידי מטה חטיבת גבעתי ביום נפילת ניצנים.
על יסוד מסקנות הועדה ושמיעת עדויות מפי אלה שחזרו מן השבי יש לקבוע:
א. בפקודת היום של חטיבת גבעתי, נכללו פסקאות שיש להן משמעות של הטלת דופי כלפי לוחמי ניצנים. פקודת היום שנכתבה מתוך כוונה רצויה לחזק את רוחם של מגיני מרחב הדרום, לא שיקפה את כל האמת על התגוננות קבוצת ניצנים והיאבקותם המרה של לוחמיה, ויש להצטער על כך שמא שבלא מזיד נאמרו בפקודת היום כמה דברים שלא היו צריכים להאמר.
ב. המסיבות הקשות של היאבקות מתישבי ניצנים, הבדידות המרה של הלוחמים, חוסר הקשר עם העורף, אזלת התחמושת והמזון ועל הכל מספר הנופלים הגדול בהתגוננות ההיא, הם עדות נאמנה של היאבקות נואשת, המעניקה כבוד לכל אלה אשר נאבקו מרה במקום עד הכדור האחרון. מה שקרה לניצנים, קרה גם לנקודות אחרות, שמתישביהן התגוננו בגבורה עד האפשרות האחרונה.
יעקב דורי, רב-אלוף
רמטכ"ל
בהמשך למכתבו של הרמטכ"ל ראש הממשלה ושר הביטחון כותב ללוחמי ניצנים:
"אין עלילה נעלה עולה בתוהו. גם אם באותו רגע אינה מביאה התוצאות הרצויות. בעמידה לבלי חת של מגינים המחרפים נפשם למות על חזון חייהם - יש בה עצמה מן הניצחון האנושי העליון. ויחד עם כל בית ישראל, אני מרכין ראשי בפני גיבורי ניצנים שנפלו, ונפלו לא לשווא.
דוד בן גוריון